Die Stadt Waren kann auf eine etwa 800-jährige Geschichte zurückblicken. Eine Urkunde mit den verliehenen Stadtrechten soll letztmalig 1666 vorgelegt worden sein. Sie wird den Wirren der Kriege oder einem der verheerenden Stadtbrände zum Opfer gefallen sein. In verkehrsgünstiger Lage angelegt und von drei Seiten von Seen und Sumpf umgeben, entstand die Stadt an einer viel benutzten Verbindung zwischen den westlich und östlich der Müritz gelegenen Landesteilen. Die Geographie bestimmte die Wahl des Ortes.
Neben der um die Georgenkirche und den alten Marktplatz entstandenen städtischen Siedlung gab es ein Suburbium bei der Burg. Beide Teile verschmolzen schon in der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts zu einem einheitlichen Stadtgrundriss, in dessen Mitte der Neue Markt die zentrale Stellung einnahm. Der schnelle Aufstieg der neugegründeten Stadt wurde in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts gefördert. Von 1347 bis 1426 war sie Residenz der Herren von Werle-Waren. Mehrere Stadtbrände verhinderten danach das weitere Wachsen der Siedlung. Besonders verheerend waren die Feuersbrünste des 16. und 17. Jahrhunderts, die die Leiden des Dreißigjährigen Krieges noch verschlimmerten.
1699, nach dem letzten Stadtbrand, musste die Stadt praktisch neu aufgebaut werden. Lediglich der Straßengrundriss, die beiden Kirchen und Teile von Häusern am Alten Markt erinnern heute noch an das mittelalterliche Aussehen. Waren wurde eine mecklenburgische Ackerbürgerstadt, wie es mehrere gab. Das heutige Bild wird von Häusern aus dem 18. und 19. Jahrhundert geprägt. Das Nebeneinander von alt und neu, von Verfall und Neubau spiegelt die mühevolle und nicht durch Reichtümer verwöhnte Lebensweise ihrer Bewohner wieder. Hier und da überwog Zweckmäßigkeit gegenüber der Schönheit. Entstanden ist das Bild einer lebenden Stadt.
Von wirtschaftlicher Bedeutung war vor der Zeit der Industrialisierung lediglich das Handwerk. Es war in Waren, wie in Mecklenburg üblich, in sogenannten Ämtern organisiert. Im 15. Jahrhundert erkämpften sich die neun privilegierten Ämter der Schuhmacher, Bäcker, Wollenweber, Knochenhauer (so wurden die Schlachter genannt), Schröder (Schneider), Krämer, Schmiede, Kürschner und Fischer auch in Waren den Zutritt zum Rat. Ihr Mitspracherecht zeigte sich bis ins 19. Jahrhundert unter anderem bei den Bürgermeisterwahlen.
Ein nachhaltiger Aufschwung vollzog sich erst im 19. Jahrhundert, als die Stadt durch die Verbesserung der Verkehrsverhältnisse zu einem regionalen Zentrum des Müritzgebietes wurde. Neben dem Ausbau von Schiffahrtswegen zu Elbe und Havel in der ersten Hälfte war es der Chausseebau in der Mitte und vor allem die Anlage wichtiger Eisenbahnverbindungen zum Ende des 19. Jahrhunderts, die Waren zu einem bedeutenden Verkehrsknoten in Mecklenburg machten. Neben dem Handwerk entstanden erste kleinere Betriebe. Eine Dampfmaschine arbeitete schon 1841 in der Öl- und Gipsmühle am Hafen. Ein Dampfschiff verkehrte zwischen 1846 und 1857 auf der Müritz. In der Amtszeit von Bürgermeister Wilhelm Schlaaff hielt zwischen 1866 und 1899 die Moderne Einzug. Bereits 1856 erfolgte der Anschluss an das Telegraphennetz, 1863 nahm das Gaswerk seinen Betrieb auf, 1898 baute man als eine der ersten mecklenburgischen Binnenstädte nach der Landeshauptstadt Schwerin ein Wasserwerk, seit 1899 gab es für Waren ein innerstädtisches Telefonnetz. 1866 stiftete Freiherr Hermann von Maltzan in Waren ein naturhistorisches Museum für Mecklenburg, das Schulwesen wurde nicht nur durch die Einrichtung eines Gymnasiums 1869 verbessert, im Jahre 1871 konnte das erste städtische Krankenhaus eröffnet werden.
Die Industrialisierung trat schon zu Beginn des 20. Jahrhunderts in ihrer Bedeutung hinter den Fremdenverkehr zurück. Mit Leitsprüchen wie "Waren an der Müritz - das nordische Interlaken" oder "Wandern, Baden, Wasserfahren - nirgends schöner als in Waren" wurde in den 1920-er und 1930-er Jahren im ganzen Land geworben.
Seit 1920 Kreisstadt wuchs Waren auch zum verwaltungsmäßigen Mittelpunkt der Müritzregion. Die Ansiedlung von Rüstungsbetrieben in den Jahren nach 1933 ging einher mit einem Anstieg der Einwohnerzahl und dem Bau der Westsiedlung, zunehmend eingeschränkt wurde der Fremdenverkehr.
Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs vergingen fast zehn Jahre, ehe man sich an Waren als Urlaubs- und Kurort erinnerte. 1954 erhielt die Stadt den Titel eines Luftkurortes und seit 1955 gab es eine Kurverwaltung. In der sozialistischen Wirtschaftspolitik stand aber die Industrialisierung neben dem "Hauptwirtschaftszweig Landwirtschaft" im Vordergrund. Zeltplätze und große FDGB-Ferienheime in der näheren Umgebung dienten dem Massentourismus.
Erst ab 1990 wurde die für den Fremdenverkehr erforderliche Infrastruktur mit Hotels, Gaststätten und kulturellen Einrichtungen zügig entwickelt. Heute ist die sanierte historische Altstadt und eine zum Wandern und Erholen erschlossene Landschaft die Basis für den Tourismus. Im Mai 1999 wurden die vielfältigen Anstrengungen mit der erneuten Verleihung des Titels Luftkurort an Waren gewürdigt.
Mit der Eröffnung des Gesundheitshotels „Kurzentrum Waren (Müritz)" im Juni 2012 erfüllt Waren (Müritz) alle Anforderungen zur Anerkennung des Kurortprädikates „staatlich anerkanntes Heilbad“.