Die Gründung eines Warener Heimatmuseums wird heute auf das Jahr 1930 datiert. Sie war Endpunkt langjähriger Bemühungen, vor allem von Mitgliedern der Warener Ortsgruppe des Heimatbundes Mecklenburg. Gleichzeitig war sie der Beginn einer erfolgreich und vielversprechend begonnenen, sich in den Wechselfällen der politischen Geschichte der letzten 80 Jahre nicht immer glücklich behauptenden, später fast abgebrochenen, mit Optimismus wiederbelebten und heute erneut schwierigen Zeiten entgegensehenden Entwicklung. Die Geschichte dieses Museums ist zugleich eine Geschichte der jeweiligen politischen Wertung und des Missbrauchs heimatgeschichtlicher Forschung, Sammlung und Ausstellung, aber auch ein Beleg für Heimatverbundenheit und geschichtliches Interesse aller Schichten der Bevölkerung.
Zahlreiche Menschen haben durch Schenkungen und Leihgaben und durch unentgeltliche Forschungsarbeiten zur Aufarbeitung und Darstellung der Geschichte Warens beigetragen, die Sammlung auf- und auszubauen sowie die Ergebnisse ihres Mühens in Form von Ausstellungen und Publikationen ihren Mitbürgern zu zeigen. Sie soll Persönlichkeiten, wie dem Veterinärrat und erstem Betreuer des Heimatmuseums Carl Adolph Evers, ein Denkmal setzen und sie soll auch dazu beitragen, heute das Bewusstsein und das Bekenntnis zum Fortbestand der Sammlung bei den maßgeblichen Stellen zu befördern. Gerade das in der Vergangenheit oft ambivalente Verhältnis der jeweiligen "Stadtregierungen” zu eigentlich ihrem Museum verhinderte ein kontinuierliches Wachstum, aber auch die endgültige Auflösung. Die Geschichte des jüngeren Heimatmuseums ist untrennbar verbunden mit der Geschichte des älteren naturhistorischen Museums, dem Maltzaneum und Müritz-Museum (heute Müritzeum).
Es zeigt sich, dass dem jüngeren Museum die kontinuierllche Sammeltätigkeit hervorragender Naturwissenschaftler Mecklenburgs und auch das notwendige historische Glück der älteren Einrichtung gefehlt hat, alle Wechselfälle deutscher Geschichte zu überdauern. Vielleicht liegt es daran, dass die Menschen nicht in der Lage sind, im Gegensatz zur Naturgeschichte ihre eigene Vergangenheit unvoreingenommen und ohne Verknüpfung mit gegenwärtigen politischen Zielsetzungen zu betrachten.
Am 18.12.1991 beschloss der Kreistag Waren die Herauslösung der Abteilung Stadtgeschichte aus dem Müritz-Museum und ihre Übergabe an die Stadtverwaltung Waren. Damit wurde am 01.01.1992 die bisherige, 1988 anläßlich des Stadtjubiläums gebildete Abteilung Stadtgeschichte zum Ausgangspunkt des heutigen Stadtgeschichtlichen Museums Waren. Im November 1992 wurde daraus eine selbständige, der Stadtverwaltung nachgeordnete Einrichtung.